雷鳴轟く住宅街。 テストの点が悪く小遣いを減らされた少年、進藤ヒカル（しんどう　ひかる）は、金になりそうなお宝はないかと、祖父の家の蔵を物色していた。 そこで見つけたものは、血のアトのような汚れのついた、古い一面の碁盤。

ヒカルがその汚れを落とそうとした時、碁盤が光を放った！ 「――見えるのですか？」 どこからともなく、何者かがヒカルに話しかけてきた！ 一緒にいた幼なじみの藤崎あかりには、血のアトも見えないし、“声”も聞こえないようだが……!?

ヒカルにしか聞こえないその“声”は、遠く平安時代のやんごとなき美丈夫、藤原佐為（ふじわらのさい）のものだった。 佐為はかつて平安の都にあって、帝（みかど）に囲碁を指南する「囲碁指南役」という要職に就いていた。 囲碁を愛してやまない佐為は、日々囲碁を打つことに至福を感じていた。

しかし佐為は、彼を妬む者の奸計にかかり、敗北してしまう。そのうえ汚名まで着せられ、都を追われた彼は、失意のうちに自ら命を絶つことに……。

その佐為の魂が、ヒカルに宿った！ 佐為の囲碁への熱烈な想いに、ヒカルはそれまで興味のなかった囲碁の世界に、次第に惹き込まれていく。

一方佐為もまた、研究の進んだ現代の碁を貪欲に吸収しつつ、碁界の頂点を目指すプロ棋士たちに、激しいライバル意識を燃やす。