忍者に憧れる高校生・花菱烈火は、ある日、工事資材の下敷きになりそうになった少女を助けようとして大怪我を負う。少女の持つ不思議な治癒の能力で一命を取り留めた烈火だったが、そこに現れた謎の女・影法師に襲われたことで、自らの腕から炎を出す能力に目覚める。実は彼は400年前の人間で、戦国時代に存在した「火影忍軍」の頭領の後継者として生まれ、訳あって現代に逃げ延びた本物の忍者だったのだ。
烈火は自分の命を救ってくれた少女・佐古下柳を「姫」と仰ぎ、永遠の忠義を誓うが、柳はその能力をある大富豪から狙われるようになる。彼女を大富豪の魔の手から守るための戦いに挑む烈火だったが、同じく過去からやってきたという母親違いの兄・紅麗と出会い―火影忍軍を巡る因縁の対決が、時を超えて蘇る！