小学校５年生の宮ノ下さつきとその弟の敬一郎は、母の死をきっかけに両親の故郷に引っ越し、両親も通ったという天の川小学校へ転入することになった。転入初日、さつきたちはふとしたきっかけで旧校舎に足を踏み入れ、潜んでいた妖怪に襲われてしまう。さつきは偶然発見した母の日記―妖怪やお化けの封じ方が書き留められた「オバケ日記」の力でなんとか妖怪を撃退するのだが、その結果彼女の愛猫カーヤに妖怪・天の邪鬼が封印されてしまった！
カーヤから天の邪鬼を引き離すため、さつきは友達と共に他の妖怪たちを封印していくことになり……。人々を襲う恐怖に子どもたちが友情と勇気で挑む、ファミリーホラーストーリー。