闇との決戦から２年。ブルードラゴンを失ったシュウは、ブーケ、レゴラスと共にレジスタンスを組織し、ロギ率いるローゼンクロイツとの戦いを続けていた。
ある日、空から謎の物体が落下するという事件が発生。シュウとブーケが現場に出来た巨大クレーターに駆け付けると、そこにノイと名乗る少年が現れる。ノイとは初対面のはずだが、なぜかシュウが影使いであることを知っていた。
そんな中、ノイを追うように巨大なレッドドラゴンが出現し、攻撃を仕掛けてくる。絶体絶命の危機に陥ったそのとき、ノイの能力によってブルードラゴンが再びシュウの影から姿を現すのだった。