現代の裏側に存在する禍野（まがの）には、異形の化け物「ケガレ」が存在していた。それを祓い清め、人々を守るのが陰陽師である。
焔魔堂ろくろは才能があるにもかかわらず、陰陽師になることを拒んでいた。しかし、神託により「双星」の称号を得てしまう。優秀な陰陽師を輩出する名家、化野家の筆頭・化野紅緒。全てのケガレを祓うことを理想に掲げる彼女もまた、双星の称号を得ることに。
「双星」の役割とは、人類の宿敵「ケガレ」との戦いに終焉をもたらす「神子」を生むべく、夫婦になること。反発しあうろくろと紅緒だったが、双星の陰陽師として強大なケガレへと立ち向かううち、少しずつ絆を深めていき―。