この世界には、地球人に知られていない数多くの宇宙人が存在する。宇宙の秩序と平和を守るため、悪と戦い続ける組織こそ、「宇宙警察エルドライブ」。
地球で暮らす少年、九ノ瀬宙太には、不思議な声が聞こえていた。自分だけに聞えている声と会話する宙太を、みんなは「つぶやき宙太」と呼び、からかっていた。
そんな宙太はある日、宇宙警察エルドライブ・太陽系方面署の署員としてスカウトされる。採用試験を受けることにした宙太は、そこで初めて声の主と対面。その声の主とは、「共生体（モニタリアン）」と呼ばれる珍しい生命体だった。採用試験に合格した宙太は、相棒のモニタリアン「ドルー」と共に、太陽系方面署署長レイン・ブリックの下、エルドライブ署員として働くことになる。