木ノ葉隠れの里に突如、海上より飛来した忍者集団が襲いかかる。目を見張る技術力と恐るべき攻撃力の前に里は防戦一方に。彼らの正体は、かつて木ノ葉隠れの里によって滅ぼされたはずの「空の国」の忍、「空忍」だった。里の危機を知り、駆けつけたナルトたちの前に凄腕の医師・神農が現れる。
時を同じくして、神農の弟子を名乗るアマルが里に辿りつく。彼の話では火の国の外れにあるアマルの村も襲撃を受けたらしい。五代目火影・綱手の指示により海上の空忍艦隊はシカマルたちに任せ、ナルトたちはアマルの故郷へと向かう。
空忍の目的も分からぬまま、敵の攻撃をかいくぐり、真相究明を急ぐナルトたち。そこに、かつて袂を分かった友、そして最大のライバルであるサスケが姿を現す。『劇場版NARUTO-ナルト- 疾風伝』第２弾。