岩隠れの里と草隠れの里の境にそびえる須弥山で、血継限界を持った忍が次々と消息を絶つ事件が発生。他国による陰謀？　それとも裏で何者かが糸を引いているのか……。
そんな中、各国の隠れ里に「卑留呼」と名乗る巨大な幻影が出現し、五大国に対して宣戦布告する。緊張が高まる中、五代目火影・綱手は戒厳令を発令、時を同じくしてカカシが謎の失踪を遂げる。カカシの里抜けを信じたくないナルトは後を追おうとするが、綱手はそれを許さなかった。いまだ正体の知れない謎の敵・卑留呼、そしてカカシが里を抜けた真の理由とは？　火の意志を継ぐ者たちの壮絶な戦いが始まる！
原作の連載10周年記念作品と銘打たれた『劇場版NARUTO-ナルト- 疾風伝』第３弾。劇場版では初めて、カカシ班、アスマ班、紅班、ガイ班に所属するメンバーが勢ぞろいしている。