ナルトたちは、地下深くに眠る龍脈の力を狙う抜け忍・ムカデを追い、砂隠れにある「楼蘭」の廃墟に辿り着く。だが解放された龍脈のエネルギーに飲み込まれ、過去にタイムスリップしてしまうナルト。時空を超えて辿り着いた先は、千の塔の街―繁栄を謳歌していた時代の楼蘭だった。
ナルトは、そこで父親であるミナトと少年時代のカカシに出会う。極秘任務中のミナトは楼蘭の大臣の正体が未来からきた忍・ムカデであり、繁栄の源である龍脈を悪用しようと企んでいると伝えるのだが……。時空を越えて実現した、父と子の邂逅。果たして最強の出逢いは破滅へと向かいつつある運命を変えることが出来るのか？
同時上映の『劇場版NARUTO-ナルト- そよ風伝 ナルトと魔神と３つのお願いだってばよ！！』では少年時代のナルトたちを短編で描いている。