かつて謎の仮面の男によって解放された九尾に、壊滅寸前まで追い込まれた木ノ葉隠れの里。四代目火影・ミナトと妻のクシナは、自分たちの命と引き換えに、生まれたばかりの息子、ナルトに九尾を封印することで里の窮地を救ったのだった。
それから時は流れ、なぜか倒したはずの忍の集団「暁」が木ノ葉隠れの里を襲撃。ナルトたちの活躍によって迎撃に成功するが、そこに再び仮面の男が現われ、ナルトとサクラに謎の瞳術を仕掛ける。意識を取り戻した２人が目にしたのは、正反対の性格に変わってしまった里の仲間たち―そして、死んだはずのナルトの両親の姿だった。
TVアニメ『NARUTO-ナルト-』10周年を記念し、シリーズ初となる原作者・岸本斉史による完全オリジナルストーリーで描かれる劇場版アニメーション第９弾。