七代目火影・うずまきナルトを中心に発展を遂げた木ノ葉隠れの里では、「中忍選抜試験」が開催されようとしていた。超多忙な父・ナルトに反発するうずまきボルトは、自分の成長をナルトに見せつけるため中忍試験に参加することを決意。うちはサスケの娘・サラダ、超優秀だが謎多き忍・ミツキと共に、難関を次々突破していく。
だが個人戦となった三次試験で、ボルトの不正にナルトが気付き、失格となる。父への複雑な感情を爆発させるボルト。そこへ突如現れたモモシキ、キンシキと名乗る２人組によって試験会場は破壊され、囮となったナルトは連れ去られてしまった―父の偉大さにようやく気付いたボルトは、仲間と共に敵が待つ異空間へ飛び込んでいく！
完結した原作コミック『NARUTO-ナルト-』のその後を描いた劇場版アニメーション。