ある日突然、小学生の久慈耕平のもとに５体の小さな人形が届く。人間の手のひらサイズの小さな人形たちは動き出し、アーサー、イザム、ウォルト、エジソン、オーディーンと名乗り、自分たちは正義の戦士ミクロマンなのだと語る。
５人の小さき戦士たちは、地球を支配しようと目論む悪の軍団アクロイヤーから地球を救うため、宇宙の果てのミクロアースからやってきたのだ。恐ろしき科学力と残忍さを有し強大な力を振るうアクロイヤーの陰謀を砕くため、小さな体に最強のパワーを宿すミクロマンと、彼らを助ける勇気ある地球の少年たちの戦いが始まった。
キャラクター設定などは1974年から発売されている人気玩具「ミクロマン」の１シリーズ、「ミクロマン マグネパワーズ」に基づいている。