つかの間の平和を謳歌する耕平と５人のミクロマンたち。しかし、耕平の家族が乗った旅客機が謎の消失を遂げてしまった。時を同じくして世界各地で建造物などが消失する怪現象が多発、悪の軍団アクロイヤーの仕業だと考えたアーサーたちミクロマンは、重力異常を感知した太平洋上に浮かぶ謎の島へ耕平を連れ急行する。そこで彼らを待ち構えていたのは、地球征服を企み全人類を消し去ろうとするアクロイヤー軍団最強の戦士・ゴルゴンであった！
『小さな巨人　ミクロマン』の劇場版アニメーションで、1999年夏の東映アニメフェアの１作として公開された。