霊界が突如大洪水に襲われ水没するという事態が勃発。ぼたんはコエンマから冥界玉というエンマ大王の秘宝を託され、人間界へと脱出し幽助たちに事態を伝える。
これはかつて霊界と戦い、エンマ大王に消滅させられた冥界の陰謀だった。闇空間に封印されていた冥界の王・耶雲は、冥界玉を用いて再び冥界を復活させようと、ぼたんを連れ去ってしまう。幽助、桑原、蔵馬、飛影の４人が結集し、冥界の野望を砕くため、そしてぼたんを救うために激戦を繰り広げる。
原作者・冨樫義博がオリジナルキャラクターデザインを手がけた『幽☆遊☆白書』の劇場版アニメーション第２弾。