ヒトに紛れて生活し、ヒトの死肉を喰らう怪人、喰種（グール）。大学生の金木研はそんな喰種の潜む東京に住んでいた。
とある事故がきっかけで、半喰種となってしまったカネキ。人間と喰種の狭間で居場所がないカネキを救ってくれたのは、喰種である芳村が経営する喫茶店「あんていく」だった。そして半喰種である自分は、どちらの世界にも居場所を持てる唯一の存在だと気づく。大切な物を守るため、強くなるために、カネキは喰種として生きていくことを決意するのだった。
『東京喰種トーキョーグール』の続編となる本作は、原作者・石田スイがストーリー原案を手がけ、原作とは違った形で物語が進行していく。