ヒトと変わらぬ姿をしながらヒトの肉を喰らう存在、喰種（グール）に対抗するために設立された行政機関「CCG（喰種対策局）」。その中で、ある命題を果たすための実験体集団が設立された。その名は「クインクス」。しかし、チームを率いる佐々木琲世には、なぜか２年前までの記憶がない―。
「クインクス」のメンターに任命された佐々木琲世だったが、クセの強いメンバーに翻弄され、業績も振るわず組織の中では肩身の狭い日々を送る。そんな中、琲世は「トルソー」と呼ばれる喰種の捜査に乗り出す……。
『東京喰種』、『東京喰種√A』に続く新たなTVシリーズ。これまで喰種視点で進んでいたストーリーが一転、喰種の天敵であるCCG側へと軸が変わり、佐々木琲世が新たな物語の主人公として登場する。