日番谷冬獅郎率いる護廷十三隊十番隊。彼らは尸魂界（ソウル・ソサエティ）の秘宝「王印（おういん）」運搬警護の任務中、謎の集団から突如襲撃を受ける。首謀者と刃を交えたものの王印を奪われた日番谷は、部下を残してなぜか隊から姿を消してしまった。
現世で日番谷逃亡の報を受けた黒崎一護と石田雨竜は、直後に傷ついた日番谷を偶然発見。黒崎家で手当を施すが、日番谷は一護に刀を向け、傷も癒えぬまま再び姿を消すのだった。一護は尸魂界から密かに日番谷を探しに来た朽木ルキアや阿散井恋次と共に、日番谷の唯一残した「クサカ」という言葉を手がかりに事件の謎を追う！
「日番谷冬獅郎を処刑せよ！」衝撃的なキャッチフレーズで話題となった劇場版アニメーション第２弾。シリーズ屈指の人気キャラクター・日番谷冬獅郎を中心に物語が展開される。