涅（くろつち）マユリは、瀞霊廷（せいれいてい）の実験室で、とある装置の開発を行っていた。そこに前触れもなく謎の影が現れ、巨大な鎌のようなものを振り下ろす―次の瞬間マユリは暴走し、我を忘れたように操作盤を叩き始める。すると霊子の塊が溢れ出し、やがて瀞霊廷を飲み込んでいった。
この様子を遠く離れた場所で目撃していた朽木ルキアの元にも、実験室に現れた影が出現。再び鎌を振るってルキアの中にある何かを奪い、連れ去っていった……。現世で異変を感じた黒崎一護は、改造魂魄のコンと共に尸魂界（ソウル・ソサエティ）へと向かうが、壊滅した瀞霊廷で記憶を失った護廷十三隊の死神たちと対峙することに。一護はこの孤独な戦いに勝利できるのか？
テーマはシリーズ原点回帰。ルキアを中心に描かれる、劇場版第３弾。